Seluruh venue akan didesain dan di-branding MTQ XXIX Jatim. Pihaknya telah memasrahkan rancangan desain dan branding venue kepada tim event organizer (EO). Rancangan itu telah dipaparkan dalam rapat teknis bersama seluruh panitia.
Penerimaan pendaftaran kafilah akan dilaksanakan di aula Gedung Bakorwil Pamekasan. Pembukaan MTQ akan dilaksanakan di Lapangan Bakorwil Pamekasan. Sementara penutupan akan digelar di Lapangan Negara Bakti atau di halaman Pendopo Agung Ronggosukowati.
100 kursi dan 12 meja akan disediakan di seluruh venue. Hanya untuk cabang Musabaqah Khattil Qur’an (MKQ) di Aula Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Madura disediakan 15 meja biasa dan 80 meja lomba. Kemudian untuk cabang Musabaqah Karya Tulis Ilmiah (KTIQ) di Aula Bakorwil Pamekasan menggunakan 145 kursi, 60 meja biasa dan 80 meja lomba.
