Sebelumnya, jabatan rektor IAIN Madura dijabat oleh Mohammad Kosim untuk periode tahun 2018-2022. Mohammad Kosim menjabat rektor dari tahun 2016 pada saat itu IAIN Madura masih berstatus STAIN Pamekasan.
Saiful Hadi, Alumni IAIN Madura Jabat Rektor untuk Periode 2022-2026
