Dengan bertambahnya dua guru besar tersebut, Kini satu-satunya kampus negeri di pulau Madura tersebut mempunyai sebanyak 9 guru besar atau profesor.
Guru besar pertama di IAIN Madura yakni Prof. Dr. H. Asyari M.Ag. yang merupakan pindahan dari Universitas Islam Negeri (UIN) Datokarama Palu.
Kedua Prof. Dr. Zainuddin Syarif, M.Ag. sebagai Profesor/Guru Besar dalam bidang Ilmu Pemikiran Politik Islam dan ketiga Prof. Dr. Moh. Zahid, M.Ag. sebagai Profesor/Guru Besar IAIN Madura dalam Bidang Ilmu Ulumul Qur’an.
