Pada awalnya, IAIN Madura merupakan cabang dari IAIN Sunan Ampel Surabaya yang berpusat di Jl Brawijaya, Kelurahan Juncancang, Kecamatan Pamekasan, dengan hanya mengelola Fakultas Tarbiyah Program Studi (Prodi) Pendidikan Agama Islam (PAI), yakni melalui program sarjana muda.
Namun 22 tahun berselang tepatnya sejak 1988, Perguruan Tinggi yang kala itu masih menginduk ke IAIN Sunan Ampel Surabaya, di Jl Jenderal A Yani, akhirnya beralih dari program Sarjana Muda menjadi Program Sarjana atau Strata 1 alias S1.
Memasuki 21 Maret 1997, secara resmi IAIN Sunan Ampel Surabaya Cabang Pamekasan bertransformasi menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pamekasan. Sekaligus mengelola dua fakultas berbeda, yakni Fakultas Tarbiyah, serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Sejak berganti nama menjadi STAIN Pamekasan, proses pembelajaran dilakukan di eks kampus lama, di Jl Brawijaya, Juncancang, Pamekasan. Hal itu itu berlangsung cukup lama. sekitar 20 hingga 21 tahun dan akhirnya pindah ke Jl Raya Panglegur KM 4 Tlanakan).
