Adapun 12 venue pelaksanaan MTQ tersebut masing-masing di Gedung Pemuda Jalan Kabupaten, aula SMKN 3, aula SMKN 2, aula Universitas Madura, 2 veneu di IAIN Madura, masjid Assyuhada Pamekasan, Pendopo Budaya Wakil Bupati Pamekasan, aula PCNU Pamekasan, aula Balai Redjo, aula Bakowil, aula haji kantor Kementerian Agama (Kemenag), dan aula SMAN 2 Pamekasan.
Selain itu, Pemerintah Kabupaten (Pemkab) Pamekasan memastikan semua kegiatan MTQ ke-29 tingkat Jatim mematuhi protokol kesehatan (prokes) covid-19.
Dua instansi yakni Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD) dan Dinas Kesehatan Pamekasan akan menempatkan Tim Prokes tiga orang di setiap venua.
