Rektor IAIN Madura Dr. Saiful Hadi mengatakan, bahwa IAIN Madura mencoba menancapkan prinsip dan nilai yang harus dipegang bersama.
Pertama, kitabi yang termasuk dalam unsur-unsur yang lahir dari pesantren. ”Kita tahu bahwa dinamika kehidupan pesantren di Madura adalah gen pesantren moderat,” tuturnya.
Prinsip dan nilai yang kedua adalah madurologi yang merupakan entitas kehidupan sosial masyarakat. Madurologi tidak hanya dinilai dari aspek geografi. Tapi, juga kultur kehidupan Madura yang khas.
